民國三十七年十二月臺大校長莊長恭先生辭意甚堅，教育部長朱家驊考量臺灣作為反共復興基地，接任臺大校長人選除政治因素考量外，更需加強人文教育建設，故積極邀請傅斯年擔任臺大校長；傅斯年立刻去電以健康因素堅決回絕，後經多方勸進，傅校長始慨然允諾，立即獲得前校長羅宗洛、莊長恭全力支持。

民國三十八年元月十九日，傅校長搭機抵臺，臺灣省主席陳誠與臺大文學院院長沈剛伯親自接機，當天臺灣發生輕微地震，傅校長還戲云:「我真不愧是個要人，一到臺灣，便有地下禮炮向我致敬」。

元月二十日，臺大辦理簡單的校長交接，沒有儀式、沒有監交人，甚至沒有單位主管參加，只由代理校長杜聰明把校印交給傅斯年，「交接大典」便告完成。

辦學態度與堅持

教與學的自由，是學術進步的必要條件。

 
堅守學術自主與專業
拒絕政治力介入學術，制定〈教員聘任規則〉、〈教員聘任及升等標準實施細則〉。

開創系所與改組
成立「考古人類學系」；設「心理系」於理學院，並增設包含文學、史學、哲學三部的「文科研究所」，醫科修業年限從四年改為七年。

重視研究與出版
鼓勵各學院出版學術研究、交換書刊，以豐富的藏書及優質的出版物充實大學圖書館。

推動自由選課
主張讓各學院依其學術特性各自發展，大一及大二研讀必修課程，文法學院三、四年級則充分選修，推動歐洲大學的自由學風。

加強通習教育
親自擔任「改進大一課程委員會」主任委員，務使來校學生一進臺大窄門後，便能得到第一流教授教導他們普通課。

校務改革與重建

辦事不必多說，多說有礙辦事，一切以事實證明可也。

◎落實校務會議、確立臺大「教授治校」的理念

◎便民先鋒，開設法、醫、總三校區交通車

關懷、鼓勵、呵護學生

在校學生必須養成向學之習慣，然後學校風氣方可良好。

◎「四六事件」至警備總部營救無辜被捕學生，處理學潮、安頓校園

◎時局動盪混亂，收容大陸赴臺或返臺之寄讀生