臺大實驗林在這個時期經歷了木材利用實習工廠火災（1992年）、塔塔加森林大火（1993年）、道格颱風（1994年）、賀伯颱風（1996年）、九二一大地震（1999年）、桃芝颱風（2001年）、林農爭地抗爭等重大天災及外來的挑戰，其中尤其以九二一大地震和桃芝颱風對實驗林所造成之破壞為甚。不過，儘管遭遇重重危難，實驗林從未因此而沮喪，毅然地面對並完成各項艱鉅的任務。

2002年8月，配合本校農學院更名，因此正式改定為「國立臺灣大學生物資源暨農學院實驗林管理處」。在歷經先前的種種挫折後，實驗林愈挫愈勇，近十年來更加穩健成熟。為了徹底實踐環境教育的宗旨，實驗林於2004年起，於轄區內成立溪頭、鳳凰、和社、東埔、下坪五個自然教育園區及水里木材利用暨產品展示中心，使環境教育的觸角向社會大眾延伸，並將休閒遊憩與自然教育緊密的結合。

▲ 木材利用實習工廠慘遭祝融。 （1992年12月10拍攝，葉永廉提供）		▲ 塔塔加森林大火。（1993年12月10拍攝， 葉永廉提供）		▲ 賀伯颱風來襲溪頭新別墅受害情形。 （1996年8月1日拍攝，葉永廉提供）

▲ 賀伯颱風來襲，溪頭公路「崩崁頭」發生大 坍方。（1996年8月1日拍攝，葉永廉提供）		▲ 賀伯颱風來襲，和社村莊被土石掩埋情況。 （1996年8月1日拍攝，葉永廉提供）		▲ 林農至實驗林管理處要求放領管理處所轄國有地的情形。（1998年3月24日拍攝，葉永廉提供）

▲ 溪頭聯外道路因九二一大地震柔腸寸斷。 （1999年拍攝，葉永廉提供）		▲ 桃芝颱風來襲，溪頭入口處遭土石埋沒。 （2001年7月30日拍攝，葉永廉提供）		▲ 桃芝颱風來襲，溪頭神木附近遭土石埋沒。 （2001年7月30日拍攝，葉永廉提供）